本系前身為私立聯合工業專科學校建築科營建組，而建築科早於民國六十二年創立，其後至民國六十五年成立營建組，民國八十三年八月始獨立創設為土木科，八十四年七月本校改隸為國立聯合工商專科學校，於八十八年七月再改制為國立聯合技術學院，本系則同時改制為土木工程系，其後本校再於九十二年八月正式升格改名為綜合大學，本系則改名為土木工程學系。九十三年起為配合國家政策與時代潮流之所需，將系名更改為土木與防災工程學系，於九十四學年度增設防災科技研究所碩士班，並於九十五年十一月十七日經教育部核准為系所合一。